Reportes y documentación con R markdown
Datos generales
Código: R-markdown
Duración: 2 horas
Nivel: Básico
Idioma: Español
Fecha: 12 de marzo de 2021
Horario: 16:00 a 18:00 (centro de México)
Modalidad: Online
Duración: 2 horas
Nivel: Básico
Idioma: Español
Fecha: 12 de marzo de 2021
Horario: 16:00 a 18:00 (centro de México)
Modalidad: Online
Descripción
En este taller se darán los principios de cómo elaborar un reporte en
formato html, word o pdf incluyendo código de R utilizando R markdown.
Pre-requisitos:
- Tener instalado R >= 4.0 y RStudio >= v1.3.
- Instalar las siguientes librerías de R:
- Rmarkdown
- tidyverse
- blogdown
- Aplicación Zoom
- Leer y atender el Código de Conducta (https://comunidadbioinfo.github.io/codigo-de-conducta/)
install.packages(“rmarkdown”, dependencies=TRUE)
install.packages(“tidyverse”, dependencies=TRUE)
install.packages(“blogdown”, dependencies=TRUE)
Para quién va dirigido este mini curso:
Personas interesadas en generar reportes de alta calidad y que puedan incluir código de R, así como gráficos y tablas.
Detalles del evento:
- El evento será gratuito y exclusivo para miembros de la RMB.
- Las instrucciones de acceso serán enviadas un día antes del evento.
Actividades:
- 15:45 am a 16:00 pm: Conéctate a Zoom y configura tu microfono
- 16:00 pm a 16:05 pm: Introducción de parte de la Red Mexicana de Bioinformática
- 16:05 pm a 16:15 pm: Código de conducta y cómo usar la plataforma de Zoom
- 16:15 pm a 18:00 pm: Actividad del curso
Organizadores:
- Red Mexicana de Bioinformática (RMB)
- Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-CCG)
- Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática (CDSB)
- GitHub: https://comunidadbioinfo.github.io
- Joselyn Chávez https://josschavezf.netlify.app
- Erick Cuervas Fernández https://erickcufe.github.iohttps://erickcufe.github.io
Formulario de registro:
Reseña de los instructores
Leticia Vega
La Dra. Leticia Vega Alvarado estudió la Lic. en Matemáticas Aplicadas y
Computación en la UNAM, realizó la Maestría en Ingeniería Eléctrica del
CINVESTAV-IPN y el doctorado en el posgrado de Ciencias e Ingeniería de
la Computación de la UNAM. Además, hizo una estancia posdoctoral en
Francia. Actualmente, trabaja en el Instituto de Ciencias Aplicadas y
Tecnología de la UNAM, con una antigüedad de 24 años. Su área de trabajo
es la Bioinformática. Desde 1998 ha impartido cátedras en la UAEM y/o
la UNAM, principalmente en temáticas de programación. Es instructora
certificada por Software Carpentry, para impartir cursos de
programación. Trabaja con R desde hace aproximadamente 10 años y es
co-organizadora del capítulo R-Ladies Cuernavaca. Disfruta mucho su
trabajo, pero también le encanta la jardinería, la repostería, ir al
cine, leer, escuchar música y viajar.
Dr. Alejandro Ponce
El Dr. Alejandro Ponce ha trabajado con R desde hace más de 15 años.
Estudió Tecnología de Alimentos en la UIA y después maestría y doctorado
en Biotecnología en el CINVESTAV. Después de varios años de post-doc y
un breve período en la academia (aprox. 5 años), desde el 2011 ha
trabajado en el gobierno de México en el INIFAP y en Conabio, donde está
actualmente desde el 2015 en el área de agrobiodiversidad. Además de la
ecología, ecosistemas y agrobiodiversidad le gustan los gatos, la
música clásica, leer y practicar cicloturismo cuando el tiempo y la
mente lo permiten.
Materiales Adicionales:
- http://swcarpentry.github.io/r-novice-gapminder/15-knitr-markdown/index.html
- https://bookdown.org/
- https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/cheatsheets
- https://raw.githubusercontent.com/rstudio/cheatsheets/master/rmarkdown-2.0.pdf
- https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-reference.pdf
- https://monashbioinformaticsplatform.github.io/2017-11-16-open-science-training/topics/rmarkdown.html
This event was funded in full by a grant from Code for Science & Society, made possible by grant number GBMF8449 from the Gordon and Betty Moore Foundation
(https://doi.org/10.37807/GBMF8449)
(https://doi.org/10.37807/GBMF8449)
