Panorama general de análisis de datos de RNA-seq con R
Datos generales
Código: RNA-seq con R
Duración: 2.5 horas
Nivel: Básico
Idioma: Español
Fecha: 16 de abril de 2021
Horario: 16:00 a 18:30 (Centro de México)
Modalidad: Online
Duración: 2.5 horas
Nivel: Básico
Idioma: Español
Fecha: 16 de abril de 2021
Horario: 16:00 a 18:30 (Centro de México)
Modalidad: Online
Descripción
El propósito general de este mini curso será proporcionar a los asistentes conceptos básicos para iniciar el análisis de secuenciación masiva de RNA (RNA-seq), técnica que permite conocer el perfil de expresión genética en las muestras deseadas. En el curso se abordarán conceptos básicos, consideraciones necesarias para el diseño experimental, pasos requeridos para el análisis bioinformático de los datos y estudiaremos el proceso general para el análisis de los datos. Los temas que se verán serán:
Introducción a RNA-seq
- ¿Cuáles son las aplicaciones más comunes?
- Consideraciones para el diseño experimental (batch effect)
- ¿Qué tipo de archivos se necesitan?
- Flujo de trabajo para el análisis de RNA-seq
- Visión general del análisis de los datos
Pre-requisitos:
- Computadora con al menos 8 GB de memoria RAM con permisos de administrador para poder instalar programas.
- Tener instalado R >= 4.0 y RStudio >= v1.3.
- Instalar FastQC https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc
- Instalar las paqueterías:
- BiocManager version >= 3.12: install.packages(“BiocManager”)
- tximeta version >= 1.8.4: BiocManager:::install(“tximeta”) https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tximeta.html
- Descargar los siguientes datos:
- Datos Fastq (30-20 min): https://drive.google.com/drive/folders/1JFI9xDQdNKhTlAoVe5UThXgw3ljaP1aE?usp=sharing
- Datos cuentas https://drive.google.com/drive/folders/16bqvFStK3zID43R8nXjvKKltJYhQ1DRE?usp=sharing
- Descargar los materiales desde https://github.com/ComunidadBioInfo/minicurso_abr_2021
- Tener instalada la aplicación Zoom.
- Leer y atender el Código de Conducta (https://comunidadbioinfo.github.io/codigo-de-conducta/)
Para quién va dirigido este mini curso:
El curso está dirigido a todos los miembros de la comunidad de la RMB que quieran empezar a analizar datos de RNA-seq y que no tengan conocimientos previos.
Detalles del evento:
- El evento será gratuito y exclusivo para miembros de la RMB.
- Las instrucciones de acceso serán enviadas un día antes del evento.
Actividades:
- 15:45 am a 16:00 pm: Conéctate a Zoom y configura tu micrófono
- 16:00 pm a 16:05 pm: Introducción de parte de la Red Mexicana de Bioinformática
- 16:05 pm a 16:15 pm: Código de conducta y cómo usar la plataforma de Zoom
- 16:15 pm a 18:30 pm: Actividad del curso
Organizadores:
- Red Mexicana de Bioinformática (RMB)
- Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-CCG)
- Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática (CDSB)
- GitHub: https://comunidadbioinfo.github.io
- Joselyn Chávez https://josschavezf.netlify.app
- Erick Cuervas Fernández https://erickcufe.github.iohttps://erickcufe.github.io
Formulario de registro:
Reseña de los instructores
M. C. Ana Beatriz Villaseñor Altamirano
Estudió Ingeniería Bioquímica en la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas (ENCB) del IPN, después realizó su maestría en el CINVESTAV donde trabajó con microarreglos de splicing alternativo empleados en muestras de ratón para caracterizar el efecto del TCDD, donde adquirió conocimientos bioinformáticos bajo la tutela de Guillermo Elizondo Azuela y Paul C. Boutros. Actualmente se encuentra terminando su doctorado en Ciencias Biomédicas de la UNAM, donde trabajó con enfermedades pulmonares para integrar datos de microarreglos y RNA-seq para la caracterización de Enfermedad Pulmonar Obstructiva Crónica y Enfermedad Pulmonar Idiopática.
M. C. Rodolfo Luis Chávez Domínguez
Egresado de la carrera de Química Farmacéutica Biológica de la Facultad de Química de la UNAM. Posteriormente, realizó la maestría en el Posgrado de Ciencias Biológicas de la UNAM en el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias bajo la dirección del Dr. José Sullivan López González y en donde estudió y caracterizó los tipos de muerte celular inducidos por agentes antitumorales en líneas celulares de cáncer pulmonar. A la fecha, se encuentra realizando el doctorado en Ciencias Biológicas de la UNAM investigando los efectos de agentes antitumorales en líneas celulares de cáncer pulmonar y empleando secuenciación de nueva generación para estudiar cambios en el perfil transcripcional asociados a la respuesta.
Materiales Adicionales:
Práctica basada en: RNA-seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression
Xaringan themes: https://cran.r-project.org/web/packages/xaringanthemer/vignettes/xaringanthemer.html
Curso de Chile (Wellcome trust): https://drive.google.com/file/d/1D0vzZxEcKBa-Sc6CCEy2CLZ-YsmFmVKU/view?usp=sharing
This event was funded in full by a grant from Code for Science & Society, made possible by grant number GBMF8449 from the Gordon and Betty Moore Foundation
(https://doi.org/10.37807/GBMF8449)
(https://doi.org/10.37807/GBMF8449)
