Noticia 20 minicurso - Red Mexicana Bioinformática

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Creación de paquetes de software de R/Bioconductor
Datos generales                                               
 
Código: Paquetes-R
Duración: 2 horas
Nivel: Intermedio
Idioma: Español e Inglés
Fecha:  16 de julio de 2021
Horario: 16:00 a 18:00 (Centro de México)
Modalidad: Online

Descripción
 Como usuarios de R, el uso de paquetes disponibles en CRAN, Bioconductor o GitHub es una actividad con la que estamos familiarizados. A pesar de la gran diversidad de paquetes disponibles actualmente, podemos tener necesidades específicas para nuestro proyecto, por lo que es importante saber cómo desarrollar un paquete que te ayuda a organizar tu propio código y puede convertirse incluso en una contribución a la comunidad. Durante este mini curso mostraremos el panorama general sobre cómo se estructura y desarrolla un paquete de R/Bioconductor.

Pre-requisitos:

if (!requireNamespace("remotes", quietly = TRUE)) {
     install.packages("remotes")
 }
 
## Paquetes de CRAN
 
remotes::install_cran(
    c(
        "available",
 
       "BiocManager",
 
       "biocthis",
 
       "devtools",
 
       "knitr",
 
       "pkgdown",
 
       "RefManageR",
 
       "rmarkdown",
 
       "rstudioapi",
 
       "sessioninfo",
 
       "styler",
 
       "usethis"
 
   )
 
)
 
 
## Paquetes de Bioconductor
 
remotes::install_cran("BiocManager")
 
BiocManager::version)()
 
# El anterior comando debe mostrar que estás usando la versión 3.13
 
BiocManager::install("biocthis")
 
BiocManager::install("BiocStyle")

Para quién va dirigido este mini curso:
Este curso está dirigido a personas interesadas en conocer el panorama general sobre el desarrollo de paquetes de R/Bioconductor y a las que les puede ayudar desarrollar paquetes para sus proyectos.
  
Detalles del evento:
  • El evento será gratuito y exclusivo para miembros de la RMB.
  • Las instrucciones de acceso serán enviadas un día antes del evento.
   
 
Actividades:
  • 15:45 pm a 16:00 pm: Conéctate a Zoom y configura tu micrófono
  • 16:00 pm a 16:05 pm: Introducción de parte de la Red Mexicana de Bioinformática
  • 16:05 pm a 16:15 pm: Código de conducta y cómo usar la plataforma de Zoom
  • 16:15 pm a 18:00 pm: Actividad del curso
       
 
Organizadores:
 
Red Mexicana de Bioinformática [RMB](https://twitter.com/RBioinformatica)
Nodo Nacional de Bioinformática en la UNAM [NNB-CCG](https://twitter.com/nnb_unam)
 
Formulario de registro:
  
Reseña de los instructores
 
Dr. Leonardo Collado-Torres.
o    Institución: Instituto Lieber para el Desarrollo del Cerebro (LIBD en inglés).
o    Área de estudio: Ciencia de Datos Genómica.
o    Página web en español: http://lcolladotor.github.io/es/
o    Bio corta: Leonardo es un Investigador en LIBD que es miembro cofundador del club de R de LIBD, de la CDSB en México, y es miembro de la Junta Directiva de la Comunidad de Bioconductor y de la Junta de Asesores para Software Estadístico de rOpenSci. Leonardo usa R desde 2008 y comparte material en su blog y en YouTube sobre R y Bioconductor.
  
Marcel Ramos Pérez. MPH.
Marcel ha desarrollado o contribuido en más de 9 paquetes de Bioconductor y CRAN, y forma parte del equipo core de Bioconductor. Sus intereses se centran en la representación de datos multi-omicos y la generación de clases de datos del entorno de Bioconductor. De forma notable, Marcel es uno de los desarrolladores del paquete MultiAssayExperiment, que se encuentra en el top 10% de los paquetes más descargados de Bioconductor. Marcel además imparte cursos de Bioestadística, R y SAS en la CUNY School of Public Health.
 
o    Página web: https://link-ny.github.io
o    Twitter: https://twitter.com/M2RuseR
o    GitHub: https://github.com/LiNk-NY

This event was funded in full by a grant from Code for Science & Society, made possible by 
grant number GBMF8449 from the Gordon and Betty Moore Foundation

(https://doi.org/10.37807/GBMF8449)
       



    
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