Análisis de enriquecimiento funcional de conjuntos de genes en R
Datos generales
Código: EF-genesR
Duración: 2 horas
Nivel: Intermedio
Idioma: Español
Fecha: 12 de junio de 2021
Horario: 11:00 a 13:00 (Centro de México) (10:30 para revisar problemas de instalación)
Modalidad: Online
Descripción
En este mini curso se revisarán de manera teórica y práctica los siguientes temas:
- Definiciones de grupos de genes y bases de datos públicas disponibles.
- Manipulación de grupos de genes con el paquete GSEABase.
- Concepto de enriquecimiento funcional.
- Análisis de enriquecimiento funcional mediante la prueba exacta de Fisher.
- Análisis con la base de datos Gene Ontology mediante el paquete GOstats.
- Análisis de GSEA con el paquete fgsea.
- Análisis de GSVA con el paquete GSVA.
Pre-requisitos:
- Computadora con al menos 4 GB de memoria RAM
- Tener instalada la aplicación Zoom
- Computadora con permisos de administrador para poder instalar R, RStudio y Bioconductor.
Instalar los siguientes paquetes de Bioconductor:
- GOstats BiocManager::install(“GOstats”)
- fgsea BiocManager::install(“fgsea”)
- GSVA BiocManager::install(“GSVA”)
Para quién va dirigido este mini curso:
Personas interesadas en interpretar listas de genes obtenidas a partir del análisis de la expresión diferencial en datos de transcriptómica.
Detalles del evento:
- El evento será gratuito y exclusivo para miembros de la RMB.
- Las instrucciones de acceso serán enviadas un día antes del evento.
Actividades:
- 10:45 am a 11:00: Conéctate a Zoom y configura tu microfono.
- 11:00 am a 11:05: Introducción de parte de la Red Mexicana de Bioinformática.
- 11:05 am a 11:30 am: Conceptos fundamentales en el análisis de enriquecimiento funcional de grupos de genes.
- 11:30 am a 11:45 pm: Bases de datos de conjuntos de genes y su manipulación mediante el paquete GSEABase.
- 11:45 am a 12:00 pm: Análisis de Gene Ontology con el paquete GOstats.
- 12:00 pm a 12:15 pm: Análisis de GSEA con el paquete fgsea.
- 12:15 pm a 12:30 pm: Análisis de GSVA con el paquete GSVA.
- 12:30 pm a 01:00 pm: Ejercicio práctico.
Organizadores:
[CDSB] (https://comunidadbioinfo.github.io )
[NNB](http://www.nnb.unam.mx )
Formulario de registro:
Reseña de los instructores
Dr. Robert Castelo
Robert es profesor asociado de Bioinformática y Bioestadística en la Universidad Pompeu Fabra en Barcelona, España, es líder del grupo de investigación de Genómica funcional, adjunto al Programa de Investigación en Informática Biomédica. Es autor de más de 30 artículos en el campo de la estadística, el aprendizaje de máquina y biología molecular y computacional. Además, es autor de diversos paquetes de Bioconductor enfocados al análisis funcional de genomas.
This event was funded in full by a grant from Code for Science & Society, made possible by grant number GBMF8449 from the Gordon and Betty Moore Foundation
(https://doi.org/10.37807/GBMF8449)
(https://doi.org/10.37807/GBMF8449)
