Curso teórico-práctico Logical modeling of cellular networks: formalism, software, and applications
Datos generales
Código: T1- Logical modeling
Duración: 12 horas
Nivel: Básico- intermedio
Idioma: Inglés
Fecha: 10 y 11 de febrero de 2020
Horario: 10:00 a 17:00 (Ciudad de México)
Duración: 12 horas
Nivel: Básico- intermedio
Idioma: Inglés
Fecha: 10 y 11 de febrero de 2020
Horario: 10:00 a 17:00 (Ciudad de México)
Lugar: Aula Teórica del Instituto de Matemáticas, UNAM-Campus Juriquilla
Agenda:
Lunes 10 de Febrero
Registro: 9:30 – 10:00
Curso: 10:00 – 12:00
Lunch: 12:00 – 13:30
Curso: 13:30 – 17:00
Martes 11 de Febrero
Curso: 10:00 – 12:00
Lunch: 12:00 – 13:30
Curso: 13:30 – 17:00
¿Qué aprenderás?
- Obtendrás conocimientos básicos sobre el modelado lógico de redes celulares.
- Aprenderás a usar el software GINsim para la creación de modelos lógicos.
- Aprenderás a usar el notebook CoLoMoTo para realizar análisis del modelo implementado en GINsim.
Pre-requisitos:
Requisitos técnicos
- Computadora Personal, con un mínimo de 8 GB de RAM; espacio de disco suficiente para archivos de texto y archivos de imagen. Privilegios de administrador para instalar paquetes.
- Installar versión reciente de Java Virtual Machine, se recomienda Java 8 https://www.java.com/es/download/
- Installar Docker virtual environment https://docs.docker.com/install/
- GINsim http://ginsim.org/downloads, versión “File with dependencies included: GINsim-3.0.0b-with-deps.jar (13 Mb)”
Software a utilizar
CoLoMoTo: Será instalado durante el curso.
Contenido
Lunes 10 de febrero:
- Introducción al modelaje
- Introducción a GINsim
- Práctica Ginsim de un ejemplo pequeño
- CoLoMoTo
Martes 11 de febrero:
- Workshop con problemas de los participantes:
Los participantes harán el ejercicio de crear su propia red en GINsim
¿Quién es nuestra audiencia?
El curso va dirigido a personas que no han tenido contacto con el modelado lógico, pero que tengan interés en la integración de datos biológicos o en describir la interacción de diferentes componentes de un fenómeno biológico en particular.
Curso Impartido por:
Dr. Denis Thieffry
Professor of Systems Biology at the Ecole Normale Supérieure, in Paris, Denis Thieffry has obtained a Ph.D in 1993 under the direction of René Thomas at the Free University of Brussels. He spent seven years of postdocs in Mexico (UNAM, 1995-1997), Germany (MPI, Berlin, 1997-1998) and Belgium (Univ. Ghent, 1998-2000), and was appointed as full Professor of Bioinformatics at the University of the Mediterranean (Marseilles, France, 2000-2010).
Thieffry’s team at IBENS focuses on the development of computational methods and software (logical simulations, attractor identification, regulatory circuit analysis, model reduction, etc.) to enable the design and the analysis of comprehensive models of molecular regulatory network. This approach is used to decipher the regulatory mechanisms at the basis of cell fate decisions.
Organizadores: IMATE, LIIGH, RMB
Patrocinadores: IMATE, SEP-CONACYT-ANUIES-ECOS NORD
